Trên cơ sở khảo sát thực tế và qua nghiên cứu các tài liệu có liên quan đến di tích, đình Thượng xã Ninh Mỹ có những giá trị:

Di tích là nơi thờ cúng thần Trấn Vũ, thần Bản Thổ và các vị thần được cấp sắc phong từ thời Nguyễn. Các vị thần có vị trí to lớn và quan trọng trong tín ngưỡng của người dân nước Việt

Ảnh: Di tích lịch sử văn hoá đình Thượng xã Ninh Mỹ, huyện Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình

Di tích là công trình kiến trúc cổ truyền thời Hậu Lê, có tính mỹ thuật cao, có giá trị nghiên cứu về kiến trúc và lịch sử kiến trúc. Trong di tích còn lưu giữ  nhiều tư liệu quý niên đại thời hậu Lê như ngai thờ, nhang án, bát hương và thời Nguyễn như sắc phong, bát hương, khánh đồng, chiêng đồng, chúc thư, bát đĩa, tượng đá.. có giá trị về lịch sử và văn hoá.

Cùng với những giá trị về văn hoá vật thể, di tích còn những giá trị văn hoá phi vật thể gắn liền như: lễ hội, tập tục thờ cúng, sinh hoạt tín ngưỡng đã tạo nên giá trị tổng thể có tính riêng biệt